Beyin ve duyu organlarındaki çakra, genjutsu için esas hedeflerdir. Genjutsu, kişinin sinir sitemini ve 5 duyusunu, onların çakra düzenini ele geçirerek yapılır. Genjutsu yu iptal etmek için 2 yol vardır.

Genjutsu ya yakalanan kişi, kendi çakra dolaşımını durdurup, genjutsu yu gerçekleştiren kişiden daha güçlü bir çakra dolaşımı sağlarsa, genjutsu iptal olur.
Genjutsuya yakalanmamış birisi, kişiye çakra aktarabilir.